Thiền viện bắt đầu được xây dựng vào năm 1993, đến năm 1994 thì hoàn thành, bản thiết kế do kiến trúc sư Vũ Xuân Hùng và Trần Đức Lộc vẽ và có sự tham gia thiết kế của kiến trúc sư nổi tiếng Ngô Viết Thụ (người thiết kế Dinh Độc Lập - nay là Dinh Thống Nhất, Thành phố Hồ Chí Minh) trên ý tưởng thiết kế và quy hoạch của HT Thiền sư Thích Thanh Từ. Thiền viện được chia ra làm 4 khu vực: khu vực ngoại viện, khu tịnh thất hòa thượng, hòa thượng viện trưởng, khu nội viện tăng và khu nội viện ni.Thiền viện do Hòa thượng Thích Thanh Từ thành lập. Đây chính nơi mà hòa thượng Thích Thanh Từ hiện nay cư ngụ chính và thường xuyên đi giáo hóa và tu hành.Trụ trì hiện nay là Thượng tọa Thích Thông Phương. Ngài là đệ tử kiệt xuất nhất trong hàng môn đồ của Hòa thượng Viện trưởng Thích Thanh Từ. Hòa thượng Viện trưởng Thích Thanh Từ từng nói: "Một ngàn người đệ tử, chỉ một mình (Thượng tọa) Thông Phương là đủ." Điều này khiến chúng ta nhớ lại một thiền sư Trung Hoa đã từng bảo: "Loài có sừng tuy nhiều, một con lân là đủ."